A kézirattár feldolgozását 1958-59-ben Nyakas Sarolta végezte el, majd Fényes Miklós, igazgató rendszerezte az anyagegyüttest. A teljes, új rendszerű feltárást és a leírásokat Móró Mária Anna készítette el. A Központi Könyvtár kéziratgyűjteménye az alábbiakat tartalmazza: 

• a püspöki könyvtár részét alkotó kéziratos anyagokat;
• a Vatikáni Levéltár pécsi egyházmegyét illető iratainak 18. századi másolatait;
• az Erzsébet Egyetem könyvtárának ajándékozott különböző korú, tárgyú és jellegű kuriózumokat, közte a Latinovits család levéltárának töredékét;
• 1950 körül a dél-dunántúli régióban feloszlatott rendházakból (ferences, piarista) elvitt, és az Országos Széchényi Könyvtárban működött ú.n. Népkönyvtári Elosztó Központ által ideküldött változatos korú és jellegű kéziratokat,
• csekély számban magánszemélyek különféle tárgyú, zömmel történeti kutatásainak irományait.

Külön egységet képeznek az Osztrák-Magyar Monarchia Külügyminisztériumi iratai, követjelentések, amelyek az 1867 és 1871 közötti időszak diplomáciai mozgásait rögzítették. Ezek 3 csoportra osztva képezik a gyűjtemény részét: 

• A/ Iratmásolatok – Wien, Haus- Hof- und Staatsarchiv anyagából Lutter János jogász, budapesti egyetemi magántanár megbízásából Virgil Mühlbacher másolta 1926. április 30. és 1930. április 15. között – (Franciaország, Görögország, Nagy-Britannia, Olaszország, Oroszország, Poroszország, Szerbia, Törökország külpolitikájával kapcsolatos anyagok)
• B/ Magyar nyelvű jegyzetek, kivonatos fordítások – (Athén, Belgrád, Berlin, Brüsszel, Bukarest, Firenze, Konstantinápoly, London, Mostar, Párizs, Scutari, Szarajevó, Szentpétervár, Rutschuk)
• C/ Tartalmi kivonatok – (Varsó, Odessza)

A kéziratos állományról a Történeti Gyűjtemények Osztályának Kutatóteremében részletes jegyzékek találhatók.