A Pécsi Tudományegyetem könyvtárának jogelődjét, a Pécsi Püspöki Könyvtárat Klimo György (1710-1777) pécsi püspök alapította 1774-ben, és tette nyilvánossá elsőként Magyarországon.
Klimo György 1751-ben Mária Terézia szándékából került a pécsi egyházmegye élére, 1754-ben megszerezte egyházmegyéjének a bíborosi pallium előjogát, új plébániákat szervezett, templomokat építtetett, bővítette a papi szemináriumot, és szándékában állt a Nagy Lajos király által 1367-ben alapított egyetem példáját követve egyetemet létrehozni. Ehhez megteremtette a feltételeket azzal, hogy papírmalmot és nyomdát létesített, olyan jól képzett, tudományos felkészültséggel bíró papokat hívott meg az egyházmegyébe, akik alkalmasak lettek volna az egyetemi professzori feladatok ellátására. Közülük kiemelkedő szerepe volt Szalágyi Istvánnak és Koller Józsefnek, akik könyvtárosként a gyűjtemény gyarapítását, rendezését, katalogizálását végezték, emellett a püspök támogatásával kutatták és megírták az egyházmegye történetét.
Klimo a könyvgyűjtést már esztergomi kanonok korában kezdte, és püspökségének idejében lankadatlan buzgalommal folytatta tovább időt, pénzt, fáradságot és anyagi áldozatot nem kímélve, könyvgyűjtési terveinek megvalósítására.
A könyvtár alapját képezte Berényi Zsigmond (1736-1748) javarészt teológiai, liturgiai, jogi és történeti munkákból álló 3000 kötete, amit a Káptalan 1000 kötetnyi, hasonló tartalmú könyvével együtt Klimo megvett a Káptalantól. A püspöki palota bővítésekor külön épületszárnyat létesíttetett a könyvtárnak.
A könyvek gyűjtését tervszerűen, a leendő egyetem minden fakultásának igényeire gondolva végeztette el. Legtöbb vásárlását Ausztriában, Itáliában, Hollandiában bonyolították barátai, akikkel állandó levelezésben állt. Jelentős főúri gyűjtemények kiárusítása mellett igen jeles beszerzési forrás lett az 1773-ban feloszlatott jezsuita rend könyvtárainak eladatása, aminek során értékes régi könyveket tudott megszerezni.
Így szinte minden diszciplínának a XVIII. századig létrejött alapvető szakirodalma megtalálható gyűjteményében. A mintegy 15 000 kötetes gyűjtemény az alapító halála után kisebb-nagyobb megszakításokkal bővült.
Az alapító halála után Esterházy Pál László püspöksége idején (1780-1799) a könyvtár csak kisebb mértékben gyarapodott, főleg egykorú hazai és francia művekkel, de utódai már nem fordítottak figyelmet a könyvtárra, a vásárlások megszűntek, könyvtáros hiányában a nyilvánosság is kizáródott.
A könyvtár történetében jelentős változás történt Szepesy Ignác püspöksége idején (1828-1838), amikor 1830-ban felépült a jelenlegi könyvtárnak is helyet adó klasszicista stílusú épület. Szepesy közel 4000 kötetnyi szerzeménye főként a reformkori könyvtermés legjavából került ki. A püspök javaslatára ekkor készült el – Vojdás János és Grandwohl Eduárd hat éves munkájának eredményeképpen – az új elrendezés szerinti leírásokat tartalmazó katalógus, amely három kötetben a szerzői betűrendes, három kötetben pedig a szakcsoportosítás szerinti leírásokat tartalmazza.
Scitovszky János püspöksége idején (1839-1849) még gondosan gyarapították a könyvtár állományát. Ekkor kerültek az állványokra az ókori és egyetemes tudományok nagyjainak, valamit magyar jelességeknek a szobrai is, amelyek Bartalits Mihály munkái.
1907-ben Zichy Gyula megyéspüspök (1905-1926) a kiváló régészt, Szőnyi Ottót bízta meg a könyvtárosi teendőkkel. Ő a székesegyházi - káptalani - gyűjteményt is gondozta, ismét szerzett be új műveket, és megkezdte egy kéziratos kötetkatalógus készítését, amit a szerb megszállás idején kénytelen volt abbahagyni.
A pozsonyi Erzsébet Tudományegyetem Pécsre költözésével szinte a semmiből kellett mindent újra kezdenie, 65 000 kötetes gazdag könyvtárát is Pozsonyban kellett hagynia. Pécs város, jóllehet évtizedek óta szorgalmazta egyetem létesítését, a háború és a szerb megszállás anyagi veszteségei után, nem tudott nagyobb segítséget nyújtani. 1923-ban Zichy Gyula, elődje, Klimo püspök szándékát is figyelembe véve, örökös használatra az egyetem rendelkezésére bocsátotta a püspöki könyvtár épületét, valamint nagy értékű, mintegy 30 000 kötetnyi könyvgyűjteményét, megteremtve ezzel az egyetemi könyvtár alapját.
A XX. század elejéig folyamatosan bővült az állománya és kiegészült a Székeskáptalan 7000 kötetes saját könyvtárával. A gyűjtemény ekkorra közel 45 000 kötetet számlált. A könyvtár legértékesebb régiségeként nyolc kódexet, huszonöt XV. századi ősnyomtatványt, kétszázötven XVI. századi antikvát több mint kétszáz 1711 előtti régi magyar nyomtatványt őriz. A Püspöki Könyvtár jelenleg a Pécsi Tudományegyetem Központi Könyvtárának különgyűjteményét képzi.
A Pécsett újrainduló egyetem könyvtárának állománya a háború viszontagságait leszámítva aránylag gyorsan növekedett, mely elsősorban a jelentős adományoknak volt köszönhető. Az ajándékozók között hazai és külföldi könyvtárak, valamint magánszemélyek is szerepeltek. A könyvtár életében és fejlődésében jelentős változást hozott az 1930-as év, amikor is dr. Fitz Józsefet, a könyvtártudomány egyik legjelesebb magyar képviselőjét nevezték ki igazgatóvá. Ő hajtotta végre a modern követelményeknek megfelelően a könyvtár újjászervezését. Nevéhez fűződik az egész állomány szakszerű feldolgozása, a betűrendes-, a szak- és címszókatalógus felállítása, a könyvbeszerzés, valamint a bel- és külföldi cserekapcsolatok kiépítése. A felsorolt munkák mellett a könyvtár részleges átalakításával új, nagyobb olvasótermet és kitűnő kézikönyvtárral ellátott kutatószobát is létesített.
1947 és 1960 között az Orvoskari Könyvtár állománya letétbe került az Egyetemi Könyvtárba, az intézetekbe, a klinikákra és a város különböző könyvtáraiba. 1961-ben a Pécsi Orvostudományi Egyetem Könyvtárának újjászervezője, majd évtizedekig igazgatója Dr. Rúzsás Lajosné dr. Faluhelyi Veronika lett. Irányító tevékenységének következményeként a könyvtár a Dél-Dunántúl regionális szakkönyvtárává fejlődött.
1948-ban megalapították a Pécsi Pedagógiai Főiskola Könyvtárát. A könyvtár neve a főiskola elnevezésével párhuzamosan változott, de funkciója mindig ugyanaz maradt: az itt folyó oktatás, kutatás támogatása, illetve az itt tanulók és dolgozók általános művelődési igényeinek kielégítése. Anyaga ma a BTK-TTK Kari Könyvtár törzsét képezi.
A Pollack Mihály Műszaki Főiskolai Kar Könyvtárának története szorosan összefügg a Főiskola, majd a Főiskolai Kar történetével. A könyvtár 1970-től működik, ellátva a tanárokat, hallgatókat és a külső könyvtárhasználókat a főiskola profiljába tartozó szakágak dokumentumaival, elsősorban könyvekkel, folyóiratokkal, szabványokkal.
1970-ben jött létre a Marx Károly Közgazdaságtudományi Egyetem pécsi kihelyezett nappali tagozata. A tagozat létrehozásával párhuzamosan alakították ki az oktató és tudományos munkához, tanuláshoz nélkülözhetetlen könyvtári hálózatot.
A bővülő tanszékek, valamint az új képzési szakok könyvtári ellátottságát biztosítandó jöttek létre az 1990-es években az egyetemi könyvtárrendszer részeként a speciális állományú szakkönyvtárak: a Társadalomtudományi, az Angol-Német, a Filozófia-Politológiai, a Felnőttképzési és Emberi Erőforrás Intézet, valamint a Földrajzi Intézet Szakkönyvtára. Az Állam- és Jogtudományi Kar 1991-ben, az országban másodikként kapott jogot az Európai Bizottságtól az Európai Dokumentációs Központ létesítésére. A Központ elsődleges hozzáférést biztosít minden egyetemi polgár számára az Európai Unió hivatalos kiadványaihoz, közösségi adatbázisaihoz. A Dokumentációs Központ a 2003-ban átadott új közös jogi és közgazdasági könyvtár területén kapott méltó helyet.
A Művészeti Kari Könyvtár szervezése - párhuzamosan a Kar alapításával - 1996-ban kezdődött el. A könyvállomány egyik részét a korábbi Rajz Tanszéken elhelyezett tanszéki könyvtári letét képezi. Ez számban nem nagy, mintegy 2000 kötet, ám jól megválogatott, az oktatás szempontjából fontos anyagot tartalmaz. A hajdani Ének-Zene Tanszéken nem működött könyvtár, ezért a Bölcsészkari Könyvtár zenetörténettel kapcsolatos állományának egy része, a fonotéka, valamint a Hauser Arnold hagyaték egy része átkerült az új könyvtárba.
2000. január 1-je fordulópontot jelentett nemcsak az egyetem, hanem a meglévő könyvtári hálózat életében is. Három felsőoktatási intézmény - a Janus Pannonius Tudományegyetem, az Orvostudományi Egyetem Általános Orvostudományi és Egészségügyi Főiskolai Kara, valamint a szekszárdi Illyés Gyula Pedagógiai Főiskola. könyvtárainak integrációja is megtörtént. Sokféle speciális gyűjteménnyel és nagy könyvtárosi tapasztalatokkal gazdagodott a PTE új könyvtára.
Ma a Pécsi Tudományegyetem Könyvtára integrált könyvtári hálózatként működik: egy központi könyvtár, az Orvos- és Egészségtudományi Centrum (gyakorlatilag két kar) könyvtára, 6 kari könyvtár - ebből kettőt két-két kar közösen működtet - valamint 5 intézeti szakkönyvtár alkotja a hálózatot. A tanszéki könyvtárak nem részei e hálózatnak, működtetésüket a tanszékek biztosítják. A könyvtári hálózat közös pénzügyi, munkáltatói igazgatás alatt áll, ahogy közös pályázati tevékenysége is. A könyvtár összehangolt, normatív alapú állománygyarapítási finanszírozással rendelkezik, melyet minden évben az egyetem szenátusa fogad el.
A Könyvtár legfőbb döntéshozó testülete a Könyvtári Tanács, melynek tagjai a könyvtári egységek vezetői. A Könyvtári Tanácsnak a könyvtár finanszírozására vonatkozó határozatait a szenátus mellett működő Könyvtári és Gazdasági Bizottság véleményezi, és végül a szenátus fogadja el. A Könyvtár operatív irányító szerve a főigazgató vezetésével működő Főigazgatóság.
Bár a könyvtár fizikailag széttagoltan - 12 pécsi és 4 vidéki telephelyen - több épületben található, de az egységes működést célzó könyvtárszakmai, informatikai és igazgatási alapelvek biztosítani tudják az integrált egyetemi könyvtár hatékony működését.